የ BAM መረጃ ጠቋሚ ፋይል ምንድን ነው?

2024 ደራሲ ደራሲ: Lynn Donovan | [email protected]. ለመጨረሻ ጊዜ የተሻሻለው: 2023-12-15 23:42

ሀ BAM ፋይል (. ባም ) የሳም ሁለትዮሽ ስሪት ነው። ፋይል . አንድ ሳም ፋይል (. sam) በትር የተገደበ ጽሑፍ ነው። ፋይል የተከታታይ አሰላለፍ ውሂብ የያዘ። መረጃ ጠቋሚ ማድረግ : IGV ሁለቱንም SAM እና BAM ፋይሎች በአቀማመጥ መደርደር እና ኢንዴክስ የተደረገ ፣ እና ያንን ማውጫ ፋይሎች አንድ የተወሰነ የስም ስምምነት ይከተሉ።

በተመሳሳይ ሰዎች የ BAM ፋይልን እንዴት መክፈት እችላለሁ?

ከ ዘንድ ፋይል ምናሌ ይምረጡ ክፈት እና ይምረጡ BAM ፋይሎች ከግራ በኩል. አክል የሚለውን በቀኝ በኩል ምረጥ BAM ፋይል . ወደ BAM ሙከራ ፋይሎች ያወረድከው አቃፊ በ_index_with_graph ምረጥ። ጠቅ ያድርጉ ክፈት ፣ ካርታ ይምረጡ።

በሁለተኛ ደረጃ የ BAM ፋይልን ወደ Fastq እንዴት መለወጥ እችላለሁ? BAM ፋይልን ወደ FASTQ ቅርጸት የመቀየር እርምጃዎች ከዚህ በታች አሉ። ይሄ ሊኑክስ ላይ ይሰራል እና ሳምቶኦልስ እና BEDTOOLS ያስፈልገዋል

1. SAMTOLS አውርድ።
2. Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2 በመጠቀም ያውጡ።
3. samtools-version በሚል ስም ማህደር ይፈጥራል።
4. ወደ ማውጫ ሲዲ samtools-ስሪት ይውሰዱ።

በተመሳሳይ፣ የ BAM ፋይልን ወደ SAM ፋይል እንዴት መለወጥ እችላለሁ?

ለ SAM ን ይለውጡ ወደ BAM , የ samtools እይታ ትዕዛዝ እንጠቀማለን. የእኛ ግብዓት ውስጥ መሆኑን መግለጽ አለብን SAM ቅርጸት (በነባሪነት ይጠብቃል BAM ) -S አማራጭን በመጠቀም። ውጤቱም እንዲሆን እንፈልጋለን ማለት አለብን BAM (በነባሪነት ያዘጋጃል BAM ) ከ -b አማራጭ ጋር.

Samtools እይታ ምን ያደርጋል?

ሳምቶልስ በ BAM ቅርጸት ውስጥ ያሉትን አሰላለፍ የሚያስተካክሉ የመገልገያዎች ስብስብ ነው። ወደ SAM (ቅደም ተከተል አሰላለፍ/ካርታ) ቅርጸት ያስመጣል እና ይልካል። ያደርጋል መደርደር፣ ማዋሃድ እና መረጃ ጠቋሚ ማድረግ እና በማንኛውም ክልል ውስጥ ያሉ ንባቦችን በፍጥነት ለማምጣት ያስችላል። ሳምቶልስ በዥረት ላይ ለመስራት የተነደፈ ነው.